日本研究生申请制度主要包括以下几种：
内诺制度
教授拥有绝对话语权，如果教授愿意接受你，会给出口头或书面的内诺。
内诺没有统一标准，教授的态度和方式可能有所不同。
如果教授反悔，通常会提前告知。
办理入学手续时，内诺制度申请通常需要先与教授沟通、准备文书，并可能包括面试。
选考制度
不是考试，而是根据学生的综合条件进行审查。
学生提交各种材料给学校，学校结合教授意见（可能通过面试）决定是否接收。
不同学校选考制度不同，有的要求内诺，有的直接进行选考。
直申制度
不需通过与教授联系，直接向学校或研究科提交申请。
教授在招生中的话语权有限，通常需要教授开会审议。
北海道大学和名古屋大学等学校较多采用直申制度。
事先审查
教授没有录取权，学生需在募集要项规定的时间内提交申请。
以上是主要的申请制度，具体实施可能因学校和专业而异。申请者需要关注目标大学的募集要项和申请要求，并与意向教授或研究科进行沟通以获得内诺或进行选考。