制药工程专业的女生在考研时，可以考虑以下专业方向：
药剂学：
涉及药物的制剂过程，适合对药物制备和制剂技术感兴趣的女生。
药物分析：
专注于药物的质量控制和分析，环境较好，但薪资可能相对较低。
药物化学：
研究药物的化学结构和性质，工资水平较高，但工作较为辛苦，对身体可能有一定毒害性。
药理学：
研究药物的作用机制和药效学，适合对药物作用机理感兴趣的研究生。
天然药物化学：
研究天然来源的药物成分，适合对天然产物感兴趣的研究生。
生药学：
研究药用植物和动物药性的科学，适合对植物和动物药感兴趣的研究生。
药事管理：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理，适合对药品管理感兴趣的研究生。
制药工程：
作为交叉学科，可以继续选择化学方向或生物方向，适合对制药技术和管理感兴趣的研究生。
选择考研专业时，建议考虑个人兴趣、职业规划以及学校的专业优势。例如，中国药科大学、天津大学和华东理工大学等学校的药学相关专业较为强势，适合有意向从事药物研发的女生。
另外，毕业后的去向可能包括医院药房、药企研发岗、医学编辑、公务员等。薪资水平因专业和工作单位不同而有所差异。
希望这些信息对你有所帮助，