物流专业自动化考研可以选择的专业方向主要包括：
控制科学与工程：
这是自动化专业考研的一个主要方向，涉及系统的建模、分析、设计和控制。
控制工程：
专注于工程实践中的应用，包括工业过程控制、机器人技术等。
控制理论与控制工程：
研究控制系统的理论，包括稳定性分析、最优控制等。
检测技术与自动化装置：
关注传感技术、信号处理以及自动化仪表和设备。
模式识别与智能系统：
研究智能系统的识别、学习和决策能力。
对于考研的院校选择，可以考虑如下一些知名高校：
上海交通大学
浙江大学
西安交通大学
哈尔滨工业大学
华南理工大学
这些学校的相关专业在自动化领域具有较高的教学和研究水平。
在选择考研专业和学校时，建议根据自己的兴趣和未来的职业规划进行综合考虑，同时关注院校的排名、研究方向、师资力量等因素。