哈尔滨工程大学在考研方面表现突出的专业有以下几个：
船舶与海洋工程：
该专业是国家级特色专业和国防重点专业，在第四轮学科评估中获评A+，主干学科船舶与海洋工程为国家重点学科，并拥有一级学科博士学位授予权。毕业生近三年升学率均超过50%，就业率始终保持在96%以上。
核工程与核技术：
该专业是国家级一流本科专业建设点、我国第一个通过工程教育认证的核工程类专业、教育部第一类特色重点建设专业和国防重点专业。培养“思想品质好、辨识能力强、掌握核科学与技术知识”的核工程领域的一流工程师与优秀专业人才。
自动化：
自动化专业是国家级特色专业，涉及信息的获取和处理，以及对相关要素进行控制的理论与技术。该专业适合升学考研，主要到国民经济各部门从事测量与控制领域内有关技术、仪器与系统的设计制造、科技开发、应用研究、运行管理等方面的工作。
计算机科学与技术：
该专业在第四轮学科评估中表现优异，属于学校的王牌专业之一。毕业生在就业市场上具有很高的竞争力，适合升学考研。
机械设计制造及其自动化：
该专业是省级特色专业，学生将学习机械设计制造、数控加工技术等相关技能，就业前景较好。
电子信息工程（水声）：
该专业涉及与电子信息有关的系统运行、自动控制、电力电子技术、信息处理、试验分析、研制开发、经济管理以及电子与计算机技术应用等领域，适合升学考研。
能源与动力工程：
该专业在第四轮学科评估中表现良好，属于学校的王牌专业之一，适合升学考研。
控制科学与工程：
在第四轮学科评估中，控制科学与工程获评A-，其下设的二级学科大多也都是特色专业。
这些专业在学术声誉、就业前景以及考研方面都有很好的表现，建议考研的同学优先考虑这些专业。