指挥院校的专业考研科目主要包括以下几类：
思想政治理论：
所有考研学生必考的一门科目，主要考察学生的政治素养和理论水平。
外语：
一般要求英语，部分院校可能接受日语、俄语或德语。
中西音乐史：
考察学生对中国古代、近现代以及西方音乐史的了解。
音乐基础理论：
涉及音乐的基本理论，如和声、曲式、调性等。
军事理论基础：
研究军队组织指挥的理论及其实施方法，包括作战指挥、军事运筹、军事通信、军事情报、密码学、军事教育训练学等。
军队指挥理论：
研究军队指挥活动的规律及其在实践中的应用。
数学：
部分院校考研初试中包括数学，如数学一或数学三。
专业课：
如系统工程原理、作战指挥理论、指挥信息系统信息处理、专业综合等。
其他特定科目：
如航空兵战术基础、信号与系统等。
具体到各指挥院校，考试科目可能有所不同，建议直接查阅目标院校的官方招生信息以获取最准确的科目要求。