考研毁约后，处理档案的方法如下：
及时改派和转出档案
毁约三方协议后，档案需要及时改派和转出。当事人可以要回之前签署的三方协议，并要求原签约单位出具解约函。
与原单位协商
与原单位协商，按照三方协议规定交纳违约金（有些单位可能不收违约金），并从原单位开出退函。
获取新单位的接收函
如果找到新工作且新单位接收档案，则需从新单位获取接收函，然后拿着原单位的退函和新单位的接收函到就业指导中心领新三方协议。
改派到人才中心
如果没有找到新工作或新单位不接收档案，可以将档案改派到人才中心。
法律依据
依据《中华人民共和国档案法》和《中华人民共和国民法典》，当事人应当遵守合同约定，违约方需承担相应的违约责任。
注意违约金
如果三方协议中规定了违约金，当事人需要按照协议内容缴纳不超过5000元的违约金。
回原籍报到
可以回原籍的人力资源和社会保障局报到，在人才市场建立自己的档案委托保管信息，将来找到正式工作后再进行转移。
通过以上步骤，可以妥善处理考研毁约后的档案问题。建议尽快与原单位和新单位沟通，确保档案能够顺利改派和转出。