北航和上交都是国内顶尖的学府，各自在多个学科领域都有显著的优势。具体到考研的选择，以下是一些建议：
交通运输工程
同济大学：传统交通强校，学科评估靠前，尤其是道路、交通规划、信控、运输方向全面发展，上海的发展空间也不错。
北京航空航天大学：侧重于软交通和智能交通，计算机实力强，性价比较高，北京的发展空间大。
力学
上海交通大学：力学学科在全国排名中位列前列，就业和读博前景都不错。
北京航空航天大学：力学学科也相当强，但整体上略逊于上交。
控制科学与工程
上海交通大学：在控制界学术实力强，尤其是自动化专业，就业前景好。
北京航空航天大学：在控制领域也有很好的表现，尤其是科研院所和军工企业就业前景佳。
计算机科学与技术
北京航空航天大学：计算机实力强，尤其是智能交通方面。
上海交通大学：计算机学科相对较弱一些。
热能动力工程
上海交通大学：该专业相对较弱，老师较多且很多“跳槽”去教其他系的学生。
北京航空航天大学：在航空方向上更有优势。
建议
如果你对交通运输工程、智能交通、计算机科学与技术感兴趣，并且希望留在北京发展，北航是一个很好的选择。
如果你更看重学术实力和就业前景，尤其是控制科学与工程和力学专业，上海交通大学可能更适合你。
如果对特定专业有浓厚兴趣，比如热能动力工程，可以根据个人职业规划选择北航或上交。
综合考虑学科优势、个人兴趣和职业规划，北航和上交都是优秀的选择，具体哪个更好取决于你的个人偏好和目标。