制药工程专业的考研方向主要包括：
药学专业：
学习药学学科的基本理论和基本知识，从事药品生产、检验等领域的鉴定和设计工作。
化学工程与技术专业：
培养化学工业领域的装置设计和企业经营管理方面的高素质人才。
中药学专业：
学习中药学的基本理论和知识，具备中药鉴定、制备和炮制的基本能力。
药物化学专业：
作为药学的一个分支，专注于药物合成、药物设计以及功能基因药物的研究。
微生物与生化药学专业：
研究微生物和生化技术在制药中的应用。
药理学专业：
研究药物与机体间的相互作用规律及其作用机制。
药剂学专业：
研究药物制剂的基本理论、处方设计、生产工艺等。
药事管理专业：
涉及药品的监督管理和相关法规。
发酵工程专业：
研究利用微生物发酵技术生产药品。
化学工程专业：
培养化学工业领域的人才。
考研科目通常包括思想政治理论、英语、数学以及专业课。具体科目可能因学校而异。