音乐指挥系考研的科目主要包括以下几个方面：
思想政治理论 和 英语：
这是所有考研学生必考的公共科目，英语分为英语一和英语二两种，具体使用哪个版本根据报考学校的具体要求而定。
中西音乐史：
这是音乐考研的专业基础课程，考察考生对中西方音乐历史发展脉络的了解和掌握。
音乐基础理论：
包括和声、作品分析、复调、配器等内容。考生需要能够分析所给作品的和声、曲式、复调、配器特征，并为指定音乐片段进行配器。
指挥：
这是音乐指挥系考研的核心科目，考察考生的指挥技巧、风格和表现力。考试形式可能包括指挥交响曲的一个乐章或一首管弦乐曲，合唱指挥需要指挥两首不同时期、不同风格的交响合唱作品选段。此外，考生还需进行专业能力综合考试，包括音乐基础、视唱练耳、钢琴、视奏、总谱读法、试挥和作曲技术理论综合测试。
专业课笔试：
可能包括视唱练耳、戏曲作曲、作曲等内容。
口试：
主要考察考生的演奏、声乐、指挥等方面的实际表现能力，可能包括曲目演奏等。
其他可选科目：
有些学校可能会增加一些其他考试科目，如教育学、心理学等。
建议考生在准备考研时，详细阅读报考学校的招生简章，了解具体的考试科目和考试要求，以便有针对性地进行复习。同时，注重基础知识的掌握和实际应用能力的培养，以提高考试成功率。