机械自动化专业考研的院校包括以下几所：
1. 清华大学
2. 哈尔滨工业大学
3. 上海交通大学
4. 浙江大学
5. 华中科技大学
6. 北京理工大学
7. 天津大学
8. 西安交通大学
9. 南京航空航天大学
10. 东南大学
11. 南京理工大学
12. 合肥工业大学
13. 浙江工业大学
14. 大连理工大学
15. 北京航空航天大学
这些学校在国内机械自动化专业的考研中具有较高的声誉和学术实力，建议学生根据自身兴趣、研究方向和职业规划，综合考虑这些学校的学科优势、师资力量和就业前景，选择最适合自己的院校进行报考。