南京和杭州都是中国东部的重要城市，拥有多所知名高校和科研机构，因此在考研方面各有优势。以下是它们的一些比较：
高校资源
南京：南京大学、东南大学、南京师范大学、南京理工大学、南京邮电大学等知名高校均位于南京，提供了丰富的学术资源和科研机会。
杭州：浙江大学、杭州电子科技大学、浙江工业大学、杭州师范大学等高校也位于杭州，其中浙江大学在全国高校中排名较高，拥有较强的学术实力和研究能力。
专业优势
南京：在计算机科学、通信工程、电子科学与技术等领域，南京邮电大学、东南大学等高校具有较强的学科实力。
杭州：在计算机科学、电子科学与技术、软件工程等领域，杭州电子科技大学、浙江大学等高校表现突出，尤其是杭州电子科技大学在计算机科学领域的排名较高。
生活环境
南京：作为江苏省的省会城市，南京的生活成本相对较低，生活环境舒适，拥有丰富的历史文化遗产和现代都市风貌。
杭州：杭州同样生活成本适中，环境优美，西湖等自然景观和丰富的文化底蕴使得杭州成为宜居城市。
就业前景
南京：南京作为长三角地区的重要城市，拥有众多知名企业和研发机构，就业前景较好，尤其在高科技和制造业领域。
杭州：杭州是互联网和电子商务的重镇，拥有阿里巴巴等知名企业，就业前景非常广阔，尤其在互联网和相关产业。
建议：
如果你对计算机科学、电子科学与技术等专业有浓厚兴趣，并且希望未来在高科技产业就业，杭州的浙江大学和杭州电子科技大学可能是更好的选择。
如果你更看重高校的整体实力和历史底蕴，或者希望在南京及其周边地区发展，南京大学和东南大学也是不错的选择。
最终的选择还应结合个人的专业兴趣、学术目标和职业规划，综合考虑城市的特点和优势。