南京大学和厦门大学都是国内顶尖的考研选择，各有其优势，具体哪个更好考研需要根据个人情况和目标来考虑。以下是它们之间的一些比较：
专业水平
南京大学：南京大学在多个学科领域都有很高的水平，尤其是理科和工科。南京大学是教育部直属的全国重点大学，位列国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校，拥有众多一级学科国家重点学科和二级学科国家重点学科。
厦门大学：厦门大学也是一所“211”和“双一流”高校，在经济学、法学、海洋科学、化学、材料科学等学科方面具有很高的声誉和学术实力。
考研难度
南京大学：由于南京大学在国内的知名度和学术实力，考研难度较大，竞争激烈，尤其是热门专业和名校情结较重的考生。
厦门大学：虽然厦门大学的整体难度略低于南京大学，但在经济、管理和理科专业方面，考研难度也相对较高，尤其是会计学、财政学等专业。
学科优势
南京大学：在工科领域，如建筑、机械、电子等方向具有明显优势，同时在文科方面，如历史、哲学、文学等也有很高的学术水平。
厦门大学：在海洋科学、环境科学、统计学、会计学、财政学等专业方面具有很高的声誉，尤其是经济学和管理学，在国内有着很高的地位。
地理位置
南京大学：位于江苏省南京市，对于江苏及周边地区的考生可能有一定的地域优势。
厦门大学：位于福建省厦门市，环境优美，气候宜人，对于南方考生可能更有吸引力。
建议
如果你对理工科专业有浓厚兴趣，尤其是工科方向，南京大学可能是更好的选择。南京大学的工科实力在国内名列前茅，拥有众多优秀的专业和实验室。
如果你对经济、管理、法学等文科专业感兴趣，或者希望在一个环境优美的城市学习，厦门大学可能更适合你。厦门大学的文科专业在国内也有很高的声誉，且校园环境优美，生活条件较好。
综合考虑个人兴趣、专业优势和地理位置，选择最适合自己的学校。无论选择哪所学校，都需要付出足够的努力和时间来准备考研，才能取得理想的结果。