南通和无锡都是江苏省的地级市，具有各自的优势，因此考研的选择取决于个人的需求和偏好。以下是它们的一些比较：
地理位置和经济发展
南通：位于江苏东南部，长江三角洲北翼，是中国首批对外开放的14个沿海城市之一。南通集“黄金海岸”与“黄金水道”优势于一身，拥有长江岸线226公里，是江苏长江经济带重要组成部分。2017年12月，南通获评2017中国特色魅力城市200强。
无锡：古称新吴、梁溪、金匮，被誉为“太湖明珠”。无锡位于江苏省南部，地处太湖流域，经济发达，交通便利。
教育资源和高校
南通：南通大学是南通地区最好的高校，拥有较为丰富的教育资源和研究实力。此外，南通还有其他一些高校和职业技术学院，能够满足不同层次的教育需求。
无锡：无锡拥有多所知名高校，如江南大学、无锡太湖学院等。这些高校在学术研究和教育质量方面都有较高的声誉，为学生提供了良好的学习环境和发展机会。
生活环境和文化氛围
南通：南通是一个历史悠久的城市，拥有丰富的文化底蕴。南通的气候宜人，生活节奏相对较慢，适合学习和生活。
无锡：无锡同样是一个历史悠久的城市，太湖风光秀丽，生活环境优越。无锡的生活节奏较快，但文化氛围浓厚，适合追求学术和职业发展的人。
就业前景
南通：南通作为长江三角洲的重要城市，经济发展迅速，尤其是港口经济和制造业。就业前景较好，尤其是与港口、物流、制造业相关的专业。
无锡：无锡经济发达，尤其是电子信息、生物医药、新能源等新兴产业。就业前景广阔，尤其是高科技产业和现代服务业。
建议
如果你更看重地理位置和经济发展，以及港口物流等相关专业的就业前景，南通可能更适合你。
如果你更看重高校的教育资源和学术氛围，以及高科技和现代服务业的就业前景，无锡可能更适合你。
最终的选择还应结合个人的兴趣、专业背景和职业规划来综合考虑。建议你可以先了解两地的具体高校和专业情况，再根据自己的实际情况做出选择。