南京理工大学和苏州大学都是值得考虑的考研选择，具体哪个更优取决于你的专业和兴趣。以下是它们的一些比较和建议：
学科优势
南京理工大学：以理工科见长，特别是兵器科学与技术、化学工程与技术等学科在全国具有很高的声誉。计算机和通信专业也相当不错，就业前景较好。
苏州大学：文科和理科较为均衡，优势学科包括文学、艺术、经济类、数学等。商学院、医学院、外国语学院等也较为突出。
地理位置和就业
南京理工大学：位于江苏省会南京，就业前景较好，尤其是与军工相关的专业，企业招聘需求较大。
苏州大学：位于江苏苏州，地理位置较为优越，就业环境也较好，尤其在苏州地区有较多的就业机会。
学校排名和认可度
南京理工大学：在全国大学排名中位于43名，学科精度较高。
苏州大学：在全国大学排名中位于59名，综合学科实力较强。
建议
如果你对理工科特别是兵器、通信、计算机等专业感兴趣，且希望在南京或江苏地区就业，南京理工大学是较好的选择。南京理工大学的硬件设施较为齐全，认可度也较高。
如果你更倾向于文科或理科的均衡发展，或者希望在苏州地区发展，苏州大学是一个不错的选择。苏州大学的文科和理科专业较为全面，且在苏州有较好的就业资源。
综合考虑，如果你对理工科有浓厚兴趣，特别是与军工相关的专业，南京理工大学更为合适。如果你希望在文科或理科之间找到平衡，或者更看重地理位置和苏州的就业环境，苏州大学可能更适合你。最终选择还需根据你的个人兴趣和职业规划来决定。