杭州和南京都是中国东部的重要城市，各自拥有不少高水平的大学和科研机构，因此在考研方面各有其优势。以下是它们的一些比较：
高校资源
杭州：浙江大学是杭州乃至浙江省内最顶尖的高校，属于985和211工程，拥有丰富的学科资源和科研实力。此外，杭州师范大学也是浙江省内较为知名的高校。
南京：南京大学是南京乃至江苏省内最顶尖的高校，同样属于985和211工程，拥有多个优势学科和强大的科研能力。南京师范大学也是江苏省内一流的师范类高校。
专业优势
杭州：浙江大学在工学、理学、医学、农业科学等领域具有显著优势，同时在人文社科方面也有很高的学术水平。
南京：南京大学在天文学、地质学、化学、材料科学等学科领域具有很高的声誉，同时在人文社科方面也有深厚的底蕴。南京师范大学在师范类专业方面表现突出，尤其是教育学和心理学。
生活环境
杭州：杭州的生活环境较为舒适，气候宜人，城市绿化好，生活成本相对较低，是一座宜居的城市。
南京：南京的生活环境也较为优越，气候温和，城市历史悠久，文化底蕴深厚。生活成本相对适中，生活节奏较快。
就业前景
杭州：杭州作为互联网和科技产业的重要基地，拥有阿里巴巴、网易等知名企业，为毕业生提供了丰富的就业机会。同时，杭州也在大力发展金融业、制造业等领域，为毕业生提供了多样化的就业选择。
南京：南京作为江苏省的省会城市，拥有众多大型企业和科研机构，尤其在金融、制造业、信息技术等领域有较好的发展。南京的高校毕业生在就业市场上也具有较高的竞争力。
建议
如果你对师范类专业有浓厚兴趣，并且希望留在江苏省内发展，南京师范大学是一个不错的选择。南师大在师范类专业的排名中位居前列，且南京的生活环境和生活成本也较为适宜。
如果你希望选择一所综合性强、学科优势明显的高校，并且倾向于在浙江省内发展，浙江大学是更为理想的选择。浙江大学在各个学科领域都有很高的学术水平，并且杭州的生活环境和生活成本也较为优越。
综合考虑以上因素，你可以根据自己的专业兴趣、就业意向和生活习惯，选择最适合自己的考研城市。