南京的硕士研究生学校包括：
南京大学
南京大学是中国最早的招收并培养研究生的综合性大学之一，前身是国立中央大学和金陵大学。南京大学设有多个研究生培养院系，涵盖了文、理、工、管、法、医、教育等各个领域。南京大学是教育部与江苏省共建的全国重点大学，国家首批“211工程”、“985工程”高校。
东南大学
东南大学是中央直管、教育部直属的副部级全国重点大学，中国著名的建筑老八校之一。东南大学在工程科技类的高水平大学，其研究生教育在国内外享有较高声誉，特别是在电子信息、交通运输、生物医学等领域有突出优势。
南京农业大学
南京农业大学是教育部直属的全国重点大学，国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。南京农业大学在农业资源与环境、地理、地质、空间天文、天文光学等学科设有博士学位授予点16个、硕士学位授予点23个。
河海大学
河海大学是教育部直属的全国重点大学，国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。河海大学在水利工程、环境科学与工程、计算机科学与技术等领域具有显著优势。
南京航空航天大学
南京航空航天大学是一所以航空航天为特色，多学科协调发展的全国重点大学，是国家“211工程”和“985工程”重点建设的高等学府。南京航空航天大学在航空航天技术、机械工程等领域有深厚的科研实力。
南京理工大学
南京理工大学是教育部直属的全国重点大学，国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。南京理工大学在兵器科学与技术、材料科学与工程、电子科学与技术等领域具有显著优势。
南京师范大学
南京师范大学是国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。南京师范大学的研究生教育起步于20世纪50年代，著名苔藓专家陈邦杰教授招收了我校历史上第1名研究生。
南京林业大学
南京林业大学有南京林业大学研究生院。南京林业大学现有硕士学位授权点及授权领域90个，博士学位授权点及授权领域37个，博士学位授权一级学科7个，硕士学位授权一级学科12个，分布在哲学、法学、经济学、文学、理学、工学、农学、管理学等9个学科门类。
南京邮电大学
南京邮电大学是教育部直属的全国重点大学，国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。南京邮电大学在通信工程、电子信息等领域具有显著优势。
南京中医药大学
南京中医药大学是教育部直属的全国重点大学，国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校。南京中医药大学在中医药领域具有显著优势。
中国科学院大学南京学院
中国科学院大学南京学院是由中国科学院大学与南京市人民政府共建的体制机制创新、学科专业特色鲜明、集科教创产于一体的科教融合高水平大学。学院以研究生教育为办学主体，着力优势学科领域的原始创新和高层次创新创业人才培养。
这些高校在各自的学科领域内具有显著的优势和特色，为研究生提供了丰富的学术资源和科研环境。建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的院校和专业进行报考。