考研选择杭州还是南京，主要取决于个人的偏好和职业规划。以下是两地的一些比较和建议：
高校资源
南京：南京拥有多所国家211重点高校，包括南京大学、东南大学、南京理工大学、南京航空航天大学、中国医科大学、南京农业大学、南京师范大学、河海大学等。这些高校在各自的领域都有很高的学术水平和研究实力。
杭州：杭州的国家重点大学主要是浙江大学一所。浙江大学在多个学科领域都有很高的排名，尤其是经济学和管理学。
城市环境
南京：南京是六朝古都，有着丰富的历史文化遗产，城市环境较为舒适，生活成本相对较低。
杭州：杭州被誉为“人间天堂”，自然风光优美，城市生活节奏较快，科技创新氛围浓厚。
专业优势
南京：南京的高校在工程、医学、农业、师范等领域有很强的实力，尤其是南京理工大学、南京航空航天大学、南京农业大学等。
杭州：浙江大学在理学、工学、管理学等领域表现突出，尤其是计算机科学、人工智能、电子商务等新兴学科。
个人兴趣
如果你对历史和文化有浓厚的兴趣，南京可能更适合你。南京有多所历史悠久的高校，如南京大学、东南大学等，可以提供更丰富的学术氛围和文化底蕴。
如果你更看重科技创新和经济发展，杭州可能更适合你。杭州有浙江大学等顶尖高校，以及阿里巴巴等知名企业，为你的职业发展提供了广阔的平台。
建议
如果你更看重高校的综合实力和学科优势，且希望在未来从事工程、医学、农业等领域的研究，南京可能更适合你。
如果你更看重城市的科技创新氛围和经济发展，且希望在未来从事互联网、电子商务等领域的工作，杭州可能更适合你。
最终的选择还是要根据个人的兴趣和职业规划来决定。建议你可以先了解两地的具体高校和专业情况，再结合自己的实际情况做出选择。