南京毕业考研可以选择以下学校：
南京大学：
南京大学是南京的一所著名高校，被誉为“建筑老八校”之一，在建筑领域具有很高的实力和影响力。作为985工程重点建设的大学，东南大学在工科、理科等方面都有一定的优势。
东南大学：
东南大学是南京的一所著名高校，被誉为“建筑老八校”之一，在建筑领域具有很高的实力和影响力。作为985工程重点建设的大学，东南大学在工科、理科等方面都有一定的优势。
南京理工大学：
南京理工大学是隶属于工信部、教育部与江苏省人民政府共建的高校，是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”建设高校。学校在工科领域具有很高的声誉，尤其是兵器科学与技术。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学是一所以航空航天为特色的研究生院校，是江苏省重点支持的国家重点大学，也是国防科工局直属高校。
河海大学：
河海大学是以水利为特色，工科为优势，经、管、文、理、法、艺、教、农等多学科协调发展的教育部直属全国重点大学，是国家“双一流”建设高校，国家“211工程”重点建设、“985工程优势学科创新平台”建设以及设立研究生院的高校。
南京师范大学：
南京师范大学是江苏省高水平大学建设高校，位于六朝古都南京，是国家“世界一流学科建设大学”、“211工程”首批重点建设高校、江苏省高水平大学建设高校。
南京农业大学：
南京农业大学是以农业和生命科学为特色的全国重点大学，是国家“211工程”重点建设高校。
南京邮电大学：
南京邮电大学作为一所以电子信息为特色的综合性重点大学，在通信、计算机等领域具有较高的学术水平。
南京林业大学：
南京林业大学以林业、资源、生态、环境为特色，是中国首批世界级学科建设大学之一。
南京信息工程大学：
南京信息工程大学是一所以大气科学为特色的全国重点大学，学科实力A+，被誉为“中国气象人才摇篮”。
这些学校都是南京地区乃至全国范围内较为知名和有影响力的研究生院校，可以根据个人的专业兴趣、学术目标和地理位置等因素进行选择。建议进一步了解各学校的具体招生政策、专业设置和导师情况，以便做出更为明智的选择。