联合培养硕士研究生存在一些缺点，主要包括以下几个方面：
学位认定问题复杂
学生最终能否获得学位，要取决于联合单位的认定情况，有时候可能会存在一些不确定性。
导师指导不够到位
不少考生反映部分联合培养导师不上心，对学生的指导不够及时和深入，影响学生的研究进度和质量。
培养实力和经验的不足
学校的培养实力和培养经验不足，最后能否授予学位也要看联合单位的认定。
高额费用和繁琐手续
研究生联合培养所需要的各种费用都相对较高，包括国内学费、国外学校的注册费用、住宿费用和生活费用等。
需要办理的手续也相对繁琐，不同国家、不同学校的教学管理系统和课程设置存在巨大差异，导致研究生需要走一些特殊的流程，如申请双学位协议、翻译等，这些流程的复杂性会极大增加研究生的时间和精力成本。
管理和沟通上的困难
需要加强各方面的协调和沟通，保障培养计划的顺利实施。
由于纷繁复杂的评估标准和培养模式，一些留学生和本地生的个性化需求得不到满足。
文化差异和交流困难
可能出现语言沟通问题和文化差异等问题，需要加强沟通和交流。
心理压力和困难
研究生联合培养需要在两个单位之间来回奔波，消耗了很多时间和精力，这种“分身术”也给研究生带来巨大的心理压力和困难。
课题组氛围问题
某些课题组氛围差，缺乏有效的交流和合作，导致科研效率低下，甚至影响学生的学术发展。
综上所述，联合培养硕士研究生虽然有明显的优势，如资源共享和拓宽视野，但其缺点也不容忽视。学生在选择联合培养时，需要综合考虑自身的实际情况和需求，权衡利弊，做出明智的选择。