应用化学考研后考取的证书主要取决于个人的职业规划和对未来工作的需求。以下是一些建议的证书：
化学分析师证书：
该证书适用于从事化学分析、质量检测、环境监测等工作，要求具备一定的分析技能和理论基础。
化学检验师证书：
这个证书适用于从事化学检验相关工作，同样需要具备相关的专业技能和知识。
注册化工工程师证书：
需要具备应用化学等相关专业的学士学位或以上学历，有2年以上工作经验的人员可以报考。这个证书适用于从事化工生产、工艺设计、设备操作及管理等工作。
注册环保工程师证书：
适用于从事环保工程相关的工作，要求具备相关的专业知识和技能。
驾驶证：
虽然与专业不直接相关，但拥有驾驶证可以拓宽就业选择，特别是在需要经常出差或进行实地工作的企业。
英语四六级证书：
英语能力在许多企业尤其是外企中是非常重要的，英语四六级证书可以证明你的英语水平。
计算机二级或三级证书：
计算机技能在现代社会越来越受到重视，相关证书可以证明你在计算机方面的能力。
食品检验证书：
适用于从事食品检验相关的工作，需要具备相关的专业知识和技能。
ISO2000质量体系认证内审员证书：
这个证书适用于从事质量管理和体系认证工作，要求具备相关的专业知识和内审能力。
ISO9001/ISO14001/ISO18001/TS16949内审员证书：
这些证书适用于从事质量管理相关的工作，要求具备相关的专业知识和内审能力。
国家职业资格证书：
包括化学实验技术员、分析测试技术员、化学工程技术员等级证书等，这些证书涵盖了化学实验、分析测试和工程技术等方面。
国家执业药师证书：
适用于应用化学专业本科毕业生报考，适用于从事药品相关的工作。
国家注册化学师证书：
需要具备应用化学等相关专业的学士学位或以上学历，有2年以上工作经验的人员可以报考，适用于从事化学相关的设计、研发、生产等工作。
化学工程师资格证书：
考取该证书可以成为一名合格的化学工程师，从事化工生产、工艺设计、设备操作及管理等工作。
职业化学家资格证书：
考取该证书可以成为一名合格的职业化学家，从事新材料研发、产品改性、应用化学等工作。
根据以上信息，如果你希望继续深造并从事研究工作，可以考虑考有机和分析类的研究生。如果你希望毕业后进入企业，尤其是外企工作，那么上述列出的证书中，化学分析师、化学检验师、注册化工工程师、注册环保工程师等证书将非常有用。同时，英语四六级、计算机等级证书等也是提升就业竞争力的重要因素。