在南京选择线下考研机构时，可以考虑以下几个因素：
师资力量：
优秀的师资是保证教学质量的关键。可以重点考虑那些拥有专业全职师资团队、并且在考研培训领域有丰富经验的机构。
教学质量和课程设置：
了解机构的课程设置是否全面、系统，是否能够满足不同专业的需求。同时，考察机构的教学质量，可以通过试听课程或者查看学生评价来了解。
辅导方式：
不同的辅导方式适合不同的学生，有些机构提供一对一辅导，有些则提供小班授课。选择时要结合自己的学习习惯和需求。
学习氛围：
一个良好的学习氛围能够提高学习效率，选择机构时可以考察其学习环境、氛围以及学生之间的互动情况。
学生口碑：
可以查看其他学生的评价和反馈，了解机构的实际效果和口碑。
根据以上因素，以下几个机构在南京线下考研中表现较好：
华图考研：
华图考研提供面授和直播两种教学方式，小班教学，师资实力雄厚，并且有多个校区供选择。其优势在于全面覆盖基础知识，深入梳理模块知识，提供一站式学习服务，并且有24小时在线回放。
新东方法研：
新东方是国内知名的在线教育网站之一，虽然以网课为主，但其在南京也有分校，提供英语等科目的辅导服务。新东方的名气大，师资力量雄厚，适合各种专业的考生。
文都考研：
文都是老牌的考研培训机构，在南京有多个分校，以线下课程为主，提供公共课和专业课的辅导。文都的规模较大，师资力量丰富，适合各种需求的学生。
学信考研：
学信考研提供多种班型，拥有专业研究院的全职师资，提供精细化学员服务，为不同专业的考生制定专属课程产品。该机构的班主任全程督学，专属导师日常沟通，学习氛围较好。
金程考研：
金程考研是本地知名的考研培训机构，提供考研直通车等服务，拥有全职师资团队，根据专业特色研发课程，专业又专注。该机构的班主任全程督学，专属导师日常沟通，学习氛围较好。
建议你可以先试听各个机构的课程，了解其教学风格和服务内容，再结合自己的实际情况和需求，选择最适合自己的考研机构。