是的，硕士研究生招生院校有自主命题的科目。根据相关文档内容，可以得知以下信息：
自主命题的定义
硕士研究生招生院校不使用全国统一命题，而是自己单独组织招生考试试卷的编写，即自主进行试卷的单独命题。
自主命题的科目
考研科目中的全国统考科目和全国联考科目是全国统一的，其他科目都是高校自命题科目，每个学校都不一样。
公共科目为全国统一命题，业务课为院校确定的专业科目，是院校自主命题。
自主命题的学校
有一些高校如中南民族大学、三峡大学、海军工程大学、湖南农业大学、湖南师范大学、重庆师范大学、江西农业大学、华东理工大学、福建师范大学等实行了自主命题。
自命题的实施方式
自命题科目需在答题纸上粘贴条形码，学校会提供详细的条形码粘贴说明。
综上所述，硕士研究生招生院校在招生过程中，除了全国统考科目外，其他专业科目如业务课等，是由院校自主命题的。自主命题的科目和方式由各高校自行确定，并且会提前通知考生相关的具体要求。因此，考生在备考时，应当充分了解并适应所报考学校的自主命题要求。