给弟弟考研毕业发红包的金额可以根据个人经济情况、亲密度以及地区习俗来决定。以下是一些建议：
1888元：
这个数字被视为吉利数字，寓意发财和顺利，是一个不错的选择。
666元：
666寓意“很厉害”，表达对弟弟考研成功的赞赏和支持。
888元：
同样寓意非常好，一路发，希望弟弟在考研路上一路顺利。
1000元：
这是一个比较适中的金额，既表达了祝福，又不会过于沉重。
2000元：
如果条件允许，这个金额可以表达更深厚的祝福和支持，同时也符合一些地区的习俗。
3000元：
这个金额相对较高，适合经济条件较好且希望表达特别祝福的情况。
综合考虑，如果弟弟是你的直系亲属且关系亲密，可以考虑给1888元、666元或888元等寓意吉祥的金额。如果经济条件允许且希望表达更深的祝福，2000元或3000元也是不错的选择。如果关系较远或经济条件一般，1000元或500元也是合理的金额。
最终金额的选择应综合考虑个人经济状况、亲密度以及当地习俗，以确保既表达了祝福，又不会造成经济负担。