计算化学硕士研究生可以选择以下学校：
北京大学
北京大学在化学领域排名第一，各个方向都不错，尤其是理论与计算化学方向。
清华大学
清华大学在计算化学方面也非常强，尤其是材料科学与工程学院。
南京大学
南京大学理论与计算化学研究所在该领域有显著的研究成果，并且已经单独招生。
复旦大学
复旦大学在化学领域表现优异，尤其是高分子和物化方向。
浙江大学
浙江大学化学系和物理系在计算化学方面也有很好的研究基础。
北京化工大学
北京化工大学在应用化学和计算化学方面都有很好的表现。
大连理工大学
大连理工大学在化学工程与技术领域有很强的实力。
华东理工大学
华东理工大学在化学工程与技术领域表现突出，入选了多项国家重点发展项目。
厦门大学
厦门大学的价键研究在计算化学领域有很高的声誉。
吉林大学
吉林大学在化学领域也有很好的研究基础。
这些学校在计算化学领域都有各自的研究优势和特色，建议根据自己的兴趣和研究方向选择合适的学校进行报考。