硕士研究生的违规处理流程一般包括以下步骤：
接收与通知
研究生部培养办公室将考场情况记录表和违纪性质意见书送达学生处研究生管理科。
学生处研究生管理科接收后，通知违纪研究生所在学院领取相关材料，并要求学院签署姓名。
调查与处理
所在学院调查违纪情况，记录违纪研究生的学院、学号、姓名及主要违纪情况。
学院对适用记过及以下的研究生进行处理，送达当事人并告知其申诉程序，同时公布处理结果。
对适用留校察看及以上的研究生，学院提出处理意见，并送交研究生管理科。
研究生管理科拟文，学生处处长签署意见，研究生部主任会签，分管校长签发处理文件。
申诉程序
当事人如对处理决定有异议，可在收到处理文件后的5个工作日内向学校提出申诉。
学校对申诉进行复查，并在收到申诉后的15个工作日内做出复查决定。
当事人对复查结果仍有异议，可在收到复查结果后的15个工作日内向陕西省教育厅提出书面申诉。
文件印发与公布
研究生管理科将处理文件送达相关部门及所在学院，由学院送达当事人，并告知其申诉程序及结果。
建议
及时申诉：当事人应在规定时间内提出申诉，以便学校及时复查并给出最终决定。
了解流程：研究生应详细了解违纪处理的具体流程和申诉途径，以便维护自身权益。
配合调查：在调查过程中，研究生应积极配合，如实提供相关情况，以便学院和管理部门做出公正处理。