硕士研究生的学位证书是由 学位授予单位颁发的。这些单位包括教育部或其授权的普通高等教育机构，以及由国家教育行政部门授权的其他组织。具体到硕士研究生，其证书由报名院校颁发，并且证书会在教育部进行备案，同时可以在学信网进行终身查询。
此外，自2016年1月1日起，学士、硕士、博士学位证书的设计印制权由各学位授予单位自行掌握，但不得使用国徽图案。国务院学位委员会办公室印制的学位证书不再使用。
综上所述，硕士研究生的学位证书最终由报名的院校颁发，并且该证书会在教育部进行备案，以便于在全国范围内的查询和验证。