南京理工大学（南理工）和南航空航天大学（南航）都是知名的211和985高校，在机械工程领域都有很高的学术水平和研究实力。选择哪个学校进行考研，主要取决于个人的需求和职业规划。以下是几个方面的对比分析：
学科实力
在最新的第四轮学科评估中，南航机械工程学科评分最高，为A-，其次是东南大学B+，南理工和南农均为B+。
从学科实力上看，南航略胜一筹，但差距不大。
招生情况
南航和南理工的机械专业招生人数都较多，但南航的专硕竞争压力较大，学硕扩展人数较少。
南理工的招生人数主要集中在机电学院，相对较为稳定。
复试分数线
学术硕士和专硕的复试分数线基本相当，但南航的专硕竞争更为激烈。
专业侧重
南航的机械专业可能更侧重于航空、航天等高端领域，而南理工可能在地面装备和工程应用方面有更多的研究。
个人需求和职业规划
如果有今后考博的意向，南航的学术硕士可能更适合，因为其学术实力更强。
如果希望硕士毕业后立即参加工作，南理工的专硕可能更为实际，因为其招生人数较多，竞争相对较小。
建议
如果追求学术研究和高端技术，南航是更好的选择，尤其是其机械工程专业在学术评估中得分较高，且有更多的研究资源。
如果希望快速就业或对特定领域如地面装备感兴趣，南理工可能更为合适，其招生人数较多，专业设置也较为实用。
综合考虑以上因素，建议根据自己的兴趣、职业规划以及未来的发展方向来选择学校。如果需要更多具体信息，建议直接联系南航和南理工的研究生招生办公室，获取最新的招生简章和专业目录。