选择海军院校进行考研时，可以考虑以下几个因素：
学校实力与声誉
海军工程大学是一所历史悠久、实力雄厚的院校，具备较强的科研实力和师资力量。
专业优势与特色
海军工程大学以培养工程技术人才为主，考试科目相对固定，复习方向明确，录取分数线相对较低。
海军航空大学位于山东青岛，以培养飞行员为主，考试内容包括文化课和体能测试，对于身体素质好的考生来说相对容易通过。
研究生培养质量
海军工程大学注重理论与实践相结合的教学方法，旨在培养具有创新精神和实践能力的高层次人才。
地理位置与校园环境
海军工程大学位于武汉，海军航空大学位于山东青岛，考生可以根据自己的地理位置偏好和校园环境进行选择。
就业前景
海军工程大学的毕业生在工程技术领域有较好的就业前景，海军航空大学的毕业生在航空领域也有广泛的就业机会。
个人兴趣与专业背景
考生应根据自己的兴趣和专业背景，选择与自身发展目标相符的院校，如海军电子工程学院、海军潜艇学院等。
综合考虑以上因素，考生可以选择适合自己的海军院校进行考研，为自己的未来发展奠定坚实基础。需要注意的是，具体的考研难度还需根据当年的招生政策和考生个人情况来确定