制药工程考研的方向主要包括：
1. 药学专业
2. 中药专业
3. 微生物与生化药学专业
4. 药理学专业
5. 药剂学专业
6. 药事管理专业
7. 发酵工程专业
8. 化学工程专业
考研科目通常包括：
思想政治理论
英语（一般有英语一和英语二两种）
数学（一般有数学一和数学二两种）
专业课（根据报考方向不同而有所差异，如化工原理、生物化学、制药工艺学、药剂学、药物分析、药物化学、天然药化、生药学等）
具体考研科目设置因报考学校和专业不同而有所差异。
顶尖院校在制药工程专业领域有：
天津大学
四川大学
中国药科大学
华东理工大学
这些院校在教学和研究方面处于国内领先地位。