药学考研难度较大的高校主要有以下几所：
北京协和医学院：
作为医学的殿堂，北京协和医学院的药学专业是A+学科，全国数一数二，考研难度极大，尤其是其临床药学方向。
北京大学：
北京大学医学部的药学专业也是极为热门，录取难度很高，尤其是基础医学、临床医学、药学等双一流学科。
复旦大学：
复旦大学药学院是国内顶尖的药学院校之一，药物化学方面国内领先，考研竞争也非常激烈。
上海交通大学：
上海交通大学医学院的药学专业实力强，考研难度也较大，尤其是其合并后的快速发展期，使得其竞争压力和难度增加。
浙江大学：
浙江大学医学院在浙江省内的口碑和认可度很高，药学专业考研难度也较大。
中山大学：
中山大学的药学专业也是A-学科，考研难度较高，尤其是其临床药学方向。
综合来看，北京协和医学院和北京大学的药学考研难度最大，其次是复旦大学、上海交通大学、浙江大学和中山大学。建议考生根据自身情况和兴趣，选择合适的学校进行报考。