南昌大学和福州大学都是国家“211”工程重点大学，并且同为双一流学科建设高校。两所学校在学科建设和区位优势方面各有优势。
学科建设方面
福州大学：拥有1个A-，2个B+，4个B，5个B-，在学科精度方面表现较高，机械、电气、化工、制药、土木等专业都有不俗的影响力，特别是化学学科方面稍占优势。
南昌大学：拥有1个A，10个B-，学科布局较为完整，食品科学、材料科学、机械等领域实力较强，医学方面也不错。
区位优势方面
福州大学：位于福建省福州市，福州市是海峡西岸经济区中心城市之一，具有明显的区位优势，发展前景较好。
南昌大学：位于江西省南昌市，虽然江西省内办学规模较大，但相比福州，区位优势不够明显。
考研难度方面
福州大学：考研难度相对较低，866信号与系统专业的难度不大，没有压分现象，且可以选择的学院较多。
南昌大学：考研人数较多，专业课难度不低，存在压分现象，不太建议报考。
综合建议：
如果你更看重学科精度和区位优势，福州大学可能是更好的选择。福州大学的化学学科和整体学科布局较为优秀，且福州市的经济发展前景较好。
如果你更注重学科全面性和规模，南昌大学也是一个不错的选择。南昌大学的食品科学、材料科学、机械等领域实力较强，且作为江西省内唯一的211大学，办学规模较大。
最终选择哪所学校，建议结合你的个人兴趣、专业目标以及未来的职业规划来综合考虑。