药物化学考研可以选择以下学校：
北京协和医学院：
国内顶尖的药学院，药物化学学科在国内领先。
中国药科大学：
国内药学教育的重要基地，药物化学专业实力强大。
北京大学：
国内顶尖的药学院，药物化学专业享有很高的声誉。
浙江大学：
国内知名的药学院，药物化学专业在国内具有较高的知名度。
上海交通大学：
国内外享有较高的声誉，药物化学专业实力雄厚。
复旦大学：
国内顶尖的药学院，药物化学专业实力强大。
沈阳药科大学：
国内知名的药学院，药物化学专业具有很高的水平。
四川大学：
药物化学学科具有较高的学术地位。
中山大学：
国内知名的药学院，药物化学专业实力较强。
山东大学：
国内知名的药学院，药物化学专业实力较强。
南京大学：
南京中医药大学的药物化学专业同样具有很高的水平，特别是在中药新药研发方面有独特的优势。
建议根据个人兴趣、研究方向和职业规划，综合考虑各学校的学科优势、师资力量和科研条件，选择最适合自己的学校。