根据提供的信息，以下是一些被认为对考研学子特别灵验的寺庙：
普陀山普济寺：
文殊殿供奉文殊菩萨，象征智慧，保佑升学。
五台山殊像寺：
供奉文殊菩萨，特别受到中考、高考、考研学生的青睐。
南通广教寺：
位于狼山，是智慧象征的大势至菩萨的道场。
北京孔庙：
历代皇族祭祀之地，孔子求学必来，具有浓厚的文化意义。
西安大兴善寺：
文书殿内奉文书菩萨，祈福贴被认为很灵验。
五台山显通寺：
千钵文殊殿内的文殊菩萨铜像，五头六手造型，具有加持学业的作用。
十方普觉寺 （北京西山卧佛寺）：卧佛殿内的铜卧佛，与“offer”发音相近，适合求学业和事业。
成都文殊院：
文殊院是四川省重点文物保护单位，求学业取得好成绩。
选择哪个寺庙进行祈福，取决于个人的信仰和感觉。建议考研学子根据自己的实际情况和信仰偏好，选择一个对自己有特殊意义的寺庙进行祈福。同时，也要理性看待信仰与科学的关系，不要过分依赖信仰，而忽视了实际的准备和努力。