自动化专业三本考研院校可以考虑以下几所：
清华大学：
清华大学自动化系在国内乃至国际上都具有很高的声誉，其控制科学与工程学科排名一直位居全国前列。该系的研究方向涵盖了控制理论、人工智能、机器人学等多个领域，且师资力量雄厚，拥有很多优秀的教授和实验室。对于想要从事自动化领域研究的学生来说，清华大学是一个理想的选择。
哈尔滨工业大学：
哈尔滨工业大学自动化专业也是国内领先水平，其控制科学与工程学科涵盖了多个研究方向，如航空航天控制、智能机器人等。该校的师资力量雄厚，拥有一批优秀的教授和实验室。同时，哈尔滨工业大学也注重学生的实践能力和创新精神的培养，为学生提供了很多实践机会和创新创业平台。
浙江大学：
浙江大学控制科学与工程学科也是全国领先，其自动化专业涵盖了多个研究方向，如智能控制、工业自动化等。该校的师资力量也很强大，拥有一批优秀的学者和科研团队。另外，浙江大学的科研环境和学生文化氛围都非常优秀，为研究生提供了良好的学习和生活环境。
北京航空航天大学：
其前身是北京航空学院飞机设备系，始建于1954年8月。北京航空航天大学自动化系在控制科学与工程领域具有很高的学术水平，师资力量雄厚，科研环境优越。
上海交通大学：
上海交通大学自动化系隶属于上海交通大学电子信息与电气工程学院，是控制科学与工程一级学科依托的实体单位，拥有控制科学与工程一级学科博士学位授予权，控制科学与工程博士后流动站，以及控制理论与控制工程和模式识别与智能系统两个国家重点学科。同时还是上海市优化与控制软件工程技术研究中心的依托单位。
华中科技大学：
其自动化专业也具有较高的学术水平和声誉，其控制科学与工程学科排名也位居全国前列。该校的自动化专业涵盖了多个研究方向，如智能控制、模式识别等。华中科技大学的师资力量也比较强大，拥有一批优秀的学者和科研团队。
东北大学：
东北大学机械工程与自动化学院是在具有悠久历史的东北大学工学院机械系基础上发展起来的，包涵机械结构、设备及系统的设计、制造、控制、监测、分析、评价等多个学科领域，是一个集人才培养、科学研究和产品开发于一体的教学科研实体。
天津大学：
天津大学在自动化领域也有很高的学术水平和研究实力，师资力量雄厚，科研环境良好。
大连理工大学：
大连理工大学在自动化领域的研究和教学实力也较为突出，拥有多个研究方向和优秀的科研团队。
北京理工大学：
北京理工大学在自动化领域具有很高的学术水平和研究实力，师资力量雄厚，科研环境良好。
这些院校在自动化专业方面都有较高的学术水平和研究实力，可以根据自身兴趣和职业规划，选择合适的院校进行报考。建议进一步了解各院校的复试线、招生政策及研究方向，以便做出更为明智的选择。