复旦大学和上海交通大学都是中国顶尖的985高校，拥有很高的学术声誉和国际影响力。它们在不同学科领域各有优势，因此考研的难度和选择哪个学校更好，需要根据个人的专业兴趣、学术目标和实际情况来综合考虑。
学科评估与专业实力
复旦大学：在最新的学科评估中，复旦的护理学科排名第四，整体工科实力不如交大，但在电子领域，尤其是微电子方面非常强。
上海交通大学：在最新的学科评估中，交大的临床学科全国第一，整体工科实力较强，尤其在计算机系统结构方面表现突出。
考研难度
复旦大学：考研难度相对较大，尤其是其王牌专业如计算机科学与技术、软件工程等，竞争激烈。
上海交通大学：考研难度也较大，尤其是其热门专业如计算机科学与技术、金融等，招生人数较少，竞争激烈。
专业选择
复旦大学：如果学生在护理、人文社科等领域有浓厚兴趣，复旦大学可能是一个更好的选择。
上海交通大学：如果学生在工程、医学、计算机等理工科领域有浓厚兴趣，上海交通大学可能更适合。
地理位置与就业
复旦大学：位于上海市，地理位置优越，就业前景广阔，尤其是金融、咨询等领域。
上海交通大学：同样位于上海市，就业前景也很好，尤其在高科技企业和金融机构有较多机会。
建议
个人兴趣与目标：首先，明确自己的专业兴趣和长期职业规划，选择与自己兴趣和目标更为匹配的学校。
学科实力与排名：参考最新的学科评估结果和排名，选择学科实力较强、专业排名靠前的学校。
招生人数与复试线：关注各学校的招生人数和复试分数线，了解实际录取情况，选择难度适中的学校。
综合评估：综合考虑学校的学术声誉、师资力量、实习就业等多方面因素，做出最适合自己的选择。
最终，复旦大学和上海交通大学都是非常优秀的选择，具体哪个更好取决于个人的具体情况和偏好。