南京理工大学的专业中，以下几个专业考研难度相对较大，同时也较为热门：
兵器科学与技术：
该专业在全国学科实力排名中位列前茅，是南京理工大学的王牌专业之一。考研难度和热度都非常高，需要做好充分的准备。
化学工程与技术：
这也是南京理工大学的优势专业，同样在全国学科实力排名中表现优异。考研难度也较大，竞争激烈。
计算机科学与技术：
该专业在2021年的复试分数线和录取情况中表现较好，是热门报考专业之一。
机械工程：
机械工程专业的考研难度也较高，但相对于其他专业来说，录取名额较多，有一定的上岸机会。
材料工程：
材料工程专业在第四轮学科评估中表现不错，考研难度适中。
管理科学与工程：
该专业在2021年的复试分数线和录取情况中表现较好，是热门报考专业之一。
自动化专业：
自动化专业在学科评估中表现优秀，考研难度较大，但录取名额较多，有一定的上岸机会。
通信工程专业：
通信工程专业在学科评估中表现不错，考研难度适中，录取名额较多。
电子信息工程专业：
电子信息工程专业在学科评估中表现优秀，考研难度较大，但录取名额较多，有一定的上岸机会。
建议
对于报考兵器科学与技术、化学工程与技术等王牌专业，建议考生提前做好充分的准备，包括专业课复习和考试策略。
对于计算机科学与技术、机械工程、材料工程、管理科学与工程等热门专业，虽然竞争激烈，但录取名额较多，可以综合考虑自身背景和实力进行报考。
对于自动化、通信工程、电子信息工程等工程专业，这些专业在学科评估中表现优秀，考研难度较大，但就业前景广阔，建议考生根据自身兴趣和职业规划进行选择。
希望这些信息对你有所帮助，祝你考研顺利!