南京化工考研选择学校时，可以考虑以下几个因素：
学科评估：
南京工业大学的化工专业在全国的学科评估中排名第三，显示出该专业具有较高的学术水平。
招生情况：
南京工业大学化工专业招生人数较多，复试线通常为国家线，且由于招生人数多，复试一般不会刷人。
学校声誉：
南京工业大学虽非211或985高校，但在化工领域有较高的声誉，并且考研的性价比很高。
专业设置：
南京理工大学化学工程与工艺专业培养具备化工相关知识，能在多个领域工作，学校是“双一流”世界一流学科建设高校。
地理位置：
南京位于江浙沪地区，该地区有众多的化工大厂，为学生提供了良好的实践机会和就业前景。
其他因素：
还可以考虑学校的师资力量、研究方向、实验室设施、校园环境等因素。
综上所述，南京工业大学和南京理工大学都是化工专业考研的不错选择。具体选择哪一所学校，还需根据个人情况和偏好进行综合考虑。