制药工程跨专业考研的方向有以下几种选择：
药物化学：
这是一个重要的跨专业考研方向，适合有志于从事药物合成、药物设计和功能基因药物研究的研究生。
化学工程与技术：
由于制药工程本身是一个化学、生物学、药学和工程学交叉的工科类专业，因此选择化学工程与技术也是合理的。
药学：
如果你对药学有浓厚的兴趣，可以选择与现专业相近的药学相关专业考研，比如药物分析、分析化学、药物化学等。
中药学：
中药学是药学的一个分支，如果你对中医药感兴趣，这个方向也是一个选择。
生物技术：
生物技术是一门与制药工程密切相关的学科，跨考这个专业也是一个不错的选择。
医学：
有些制药工程专业的学生可能会选择考医学相关的研究生专业。
经管类专业：
还可以考虑跨专业考研考经管类专业，如工商管理、市场营销等。
建议
兴趣优先：选择跨专业考研方向时，最重要的是考虑自己的兴趣和职业规划，选择自己真正感兴趣的领域有助于后续的学习和研究。
了解科目：不同招生单位的考试科目可能有所不同，建议提前了解并确认目标院校的考试科目，以便有针对性地准备。
咨询前辈：多咨询学长学姐和导师，了解他们的经验和建议，可以帮助你做出更明智的选择。
身体考虑：如果考虑从事药物合成等对身体有一定要求的岗位，需要认真评估自己的身体状况是否适合这些工作。
希望这些信息对你有所帮助，祝你考研顺利!