深圳制药工程考研的好学校有以下几所：
中国药科大学
中国药科大学是国家“211工程”“985工程优势学科创新平台”和国家“双一流”建设高校，全国首批博士、硕士学位授予单位，教育部药学类专业教学指导委员会主任委员单位，是唯一入选教育部“卓越工程师教育培养计划”的医药院校。该校在制药工程领域具有很高的权威性，就业率也较高。
北京大学
北京大学作为中国顶尖的综合性大学，在制药工程领域有着很高的学术声誉和研究成果。虽然竞争激烈，但作为国内顶级学府，其学术氛围和研究实力都非常强。
清华大学
清华大学的生物医学工程与仪器科学系在制药工程方面也有很高的研究水平，地处国际大都市上海，具有很高的地域优势。
上海交通大学
上海交通大学的生物医学工程系在制药工程方面也有较好的研究成果，是一个不错的选择。
沈阳药科大学
沈阳药科大学在制药工程领域也有很高的学术地位，药物所的研究生的就业情况非常出色。
建议
如果你希望选择一个在制药工程领域具有较高权威性和就业率的高校， 中国药科大学无疑是一个非常好的选择。
如果你希望进入顶尖的综合性大学，并且对研究环境有较高要求， 北京大学和 清华大学都是值得考虑的。
如果你更倾向于在上海发展， 上海交通大学也是一个很好的选择。
如果你希望在一个相对竞争较小且研究实力较强的学校学习， 沈阳药科大学也是一个不错的选择。
综合考虑学校的学术声誉、研究成果、地域优势以及就业情况，以上几所学校都是深圳制药工程考研的不错选择。建议根据自己的兴趣、学术背景和职业规划，综合考虑这些因素，选择最适合自己的学校。