首都医科大学（首医）和南京医科大学（南医）都是医学领域的知名院校，各有其优势，因此选择哪个更好考研需要根据个人情况和职业规划来决定。以下是它们的一些比较：
地理位置和氛围
首医：位于北京，虽然非985非211，但周围有许多顶尖大学，氛围较好，有利于建立人脉和获取机会。
南医：位于江苏南京，地理位置优美，南方学校的风格可能更开放。
教学水平和资源
首医：师资力量强大，拥有丰富的临床教学资源和完善的临床教学体系，特别是临床专业，手握北京大量王牌三甲资源。
南医：综合实力排在第75名，医学类专业在全国医学院校中排名第8，教学水平高，注重学科交叉与综合。
就业和地域优势
首医：由于地理位置的优势，更容易接触到北京的顶级医院和资源，对未来的职业发展非常有利。
南医：在华南地区的就业认可度极高，尤其是广东地区，地域指向性强。
录取分数
首医：2023年临床医学专业的最低录取分数为619分。
南医：2023年临床医学专业的最低录取分数为617分。
建议
如果你希望留在北京发展，或者希望利用北京丰富的医疗资源，首医是更好的选择。首医的地理位置和临床资源使其在就业市场上具有明显优势。
如果你计划回江苏或华南地区发展，南医可能更适合你。南医在当地的就业认可度极高，且医学专业实力强劲。
综合考虑以上因素，如果你更看重地理位置和临床资源，首医是更好的选择；如果你更看重地域指向性和在当地就业的优势，南医可能更适合你。最终的选择还应结合你的个人兴趣和职业规划。