限制员工在职考研可以采取以下几种方法：
计划管理
制定明确的考研计划，要求员工在每年10月份前向所在单位提出申请，并经过所在系部、教务处和人事处的审核汇总，最终由校长办公会研究确定。这样可以确保考研计划与学校的工作需求和师资规划相一致。
总量控制
对脱产读研的教师实行总量控制，年度脱产读研教师的数量累计不得超过本单位教师总数的10%。这样可以避免过多教师离职考研，影响正常的教学和工作秩序。
专业方向限制
考研人员的专业或方向由各系（部）确定，一般应与学校学科建设总体规划和师资规划的要求相符，且原则上不得更改专业及研究方向。这样可以确保员工考研的方向与学校的发展方向一致。
工作考核与纪律
对于年度工作考核不称职或受党政纪处分的人员，当年不允许报考研究生。这样可以强化员工的工作责任心和纪律性。
请假与旷工处理
如果员工利用工作日去上课，则不予请假，按照旷工处理。旷工可以不发当天工资，并扣除奖金。如果旷工次数过多，可以直接将其辞退。
违约金与协议
学校出资培养或引进的人员，必须按照协议规定交纳违约金或续签累加未满服务年限的定向培养协议后方可报考脱产学习方式的研究生。这样可以确保员工在离职考研前履行相应的责任和义务。
通过以上措施，可以在一定程度上限制员工在职考研，确保员工能够全身心投入到工作中，同时也有助于维护学校的教学秩序和师资稳定。