制药工程专业的考研方向有以下几种选择：
药学专业：
学习药学学科的基本理论和基本知识，使学生能在药品生产、检验等领域从事鉴定、设计等工作。
化学工程与技术专业：
培养化学工业领域的装置设计以及企业经营管理的方面的高素质人才。
中药学专业：
学习中药学的基本理论和知识，使学生具备中药鉴定、中药制备以及中药炮制的基本能力。
药物化学专业：
培养能在科研与开发生产领域从事药物合成、药物设计和功能基因药物的研究，药品监督和管理的高级专业人才。
药剂学专业：
研究药物制剂剂型的基本理论、处方设计、生产工艺、合理应用以及药物制剂剂型和药物的吸收、分布、代谢及排泄关系的综合技术科学。
药理学专业：
研究药物与机体间相互作用规律及其药物作用机制的一门科学，主要包括药效动力学和药代动力学两个方面。
生物制药专业：
涉及生物药物的研发、质控、生产、管理、经营等工作，及制药设备的设计与开发。
微生物与生化药学专业：
学习微生物与生化药物的相关知识，涉及药物的制备、性质、稳定性、质量控制等方面。
药事管理专业：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理与监督。
建议根据个人兴趣、职业规划以及目标院校的专业优势来选择合适的考研方向。例如，如果对药物研发和药物设计感兴趣，可以选择药物化学或药剂学专业；如果希望从事中药相关的工作，中药学专业是一个好的选择；若对药物作用机制和药效学感兴趣，则药理学专业较为合适。