水上运输类专业考研方向主要包括以下几种：
船舶与海洋结构物设计制造
专业介绍：该专业是船舶与海洋工程一级学科的二级学科，主要研究船舶与海洋结构物的总体论证、系统分析、环境荷载及动力响应、可靠性理论、风险评估、运动性能及新船型开发、冰力学与冰工程学研究、新型海洋工程结构研究、强度、振动、噪声及其控制、工程系统分析、规划及经济评价等科学技术问题。
就业方向：毕业生可以从事工程技术工作，相邻专业如港口工程、工程、航运管理等方面的研究、管理及其他技术工作，以及高等院校的教学科研管理工作。
推荐院校：哈尔滨工程大学、上海交通大学、武汉理工大学、大连理工大学、江苏科技大学、山东交通学院、集美大学、浙江海洋学院等。
船舶与海洋工程
专业介绍：该专业主要课程包括理论力学、材料力学、流体力学、结构力学、船舶与海洋工程原理。专业旨在培养具备现代船舶与海洋工程设计、研究、建造的基本技能和管理基础知识、计算机编程及应用能力，能在船舶与海洋结构物设计、研究、制造、检验、使用和管理等部门从事技术和管理方面工作的船舶与海洋工程学科高级工程技术人员。
培养要求：本专业主要学习船舶的构造、航行原理、安全性设计及建造法规和国内外重要船级社的规范等知识，研究船舶的设计方法及如何保证航行的快速性、良好的操纵性和抗风浪能力等问题。
这两个专业方向都侧重于船舶与海洋工程领域，具有较为广泛的就业前景和研究领域。选择哪个专业方向更好，需要根据个人的兴趣、职业规划以及未来的发展方向来决定。