南京审计大学的王牌专业包括 审计学、 金融学、 会计学、 国际经济与贸易、 财政学、 经济学、 工商管理、 法学、 信息管理与信息系统等。其中，审计学被多个来源一致认定为王牌专业，并且是省级品牌专业建设点。
审计学专业在研究生阶段主要培养学生具备良好的政治思想素质和职业道德修养，系统掌握现代审计理论与方法及相关领域的知识和技能，具有较好的综合素质与适应能力、较强的审计职业判断能力与解决审计实际问题能力的高层次、应用型审计专门人才。南京审计大学审计学专业的毕业生就业率平均保持在98%以上，境内外升学率在24%以上，就业前景非常广阔。
综上所述，南京审计大学的王牌专业中，审计学专业的地位尤为突出，无论是从专业建设、教学资源还是就业情况看，都是该校的强项。