硕士毕业生在上海工作的程序主要包括以下几个步骤：
就业协议签订与审核
毕业生与用人单位达成就业意向后，签订就业协议。
毕业生本人在协议上签字，用人单位在协议上签字盖章。
毕业生在10天之内先到所在学院的学生辅导员处进行审核登记，再交到研究生部进行确认盖章，之后将就业协议书反馈给用人单位。
就业登记与信息获取
用人单位携带单位营业执照复印件、单位机构代码证书复印件、办理人员介绍信前往上海市高校毕业生就业指导中心办理招聘登记，获取信息登记号。
档案转移
已签订就业协议书的上海生源毕业生，档案寄往就业单位，若单位无人事档案保管权，其档案转到上海市人才交流中心。
未签订就业协议书的上海生源毕业生，其档案转回户籍所在区、县的职业介绍中心。
落户申请
对于海归硕士，需要先取得上海市人民政府所认定的人才引进资格，并在上海的五大新城找到正规工作后，方可申报在上海落户。
具体办理流程
拿到落户批复后，带批复联到学校填写毕业生报到证打印申请表，盖好章去上海市学生事务中心领报到证。
携带申报户口证明信、办理本市户籍通知第一联、毕业证书原件及复印件、学位证书原件及复印件、身份证原件及复印件、户口本去现居住地派出所办理户籍。
携带身份证、户口本、迁入证明去户籍地派出所办理迁出证明，可以委托亲人代办。
拿到迁出证明后到现居住地派出所办理新的上海身份证。
拿到新的身份证后，携带毕业证书、学位证书、新的上海户口本、新的上海身份证、2寸照片2张至现居住地社区服务中心办理《就业创业证》。
最后，将身份证复印件、就业创业证原件、户口本复印件交到HR处即可。
建议：
毕业生在签订就业协议后，应尽快完成相关审核和登记工作，以确保档案和落户流程的顺利进行。
对于海归硕士，应提前了解并确认人才引进资格及具体落户政策，以便顺利完成落户申请。