硕士研究生档案丢失后的补办流程如下：
开具档案遗失证明
由单位开具（如果有单位的话），或者自己手写一份档案补办申请，注明个人信息及丢失原因。
准备补办材料
携带身份证、毕业证、彩色寸照、档案遗失证明和补办申请书等。
提交补办申请
到研究生学校找负责档案补办的老师，提交申请表及相关证明材料，并填写书面申请表，经原学院院长及相关领导审核签字并加盖学校公章。
补办档案材料
逐一补办档案内的材料，如成绩单、学籍卡、毕业相关材料等，并由档案室盖章。
填写《毕业研究生登记表》
到学校就业指导中心领取并如实填写《毕业研究生登记表》，并由班主任、学院和学校审核签字盖章。
审核与封档
补办材料全部完成后，提交给学工处老师审核封档盖章。
获取存档证明
最后，到学校就业指导中心领取存档证明，以备后续考研政审或调档使用。
建议尽快与原毕业院校联系，详细了解补办流程和所需材料，以确保补办过程顺利。