中国科学技术大学大气物理学与大气环境专业硕士研究生的学费情况如下：
学术型硕士研究生：
学费为8000元/年。
专业型硕士研究生：
学费一般超过10000元，大多在12000-15000元之间，且为一次性缴清。
此外，对于大气科学专业的第二阶段论文费用，有机会获得5000元奖学金，因此实际费用为20000元。
综合以上信息，可以得出以下结论：
学术型硕士：8000元/年
专业型硕士：12000-15000元（一次性缴清）
第二阶段论文费用：20000元（有机会获得5000元奖学金）
建议学生在选择专业型和学术型硕士时，了解具体的学费支付方式及可能获得的奖学金，以便做好经济规划。