药学工程考研专业课的科目和考试内容如下：
思想政治理论（100分）和 英语一（100分）为全国统考科目。
专业课（300分），具体考察内容因院校而异，通常与其开设的专业或研究方向相关。例如：
空军军医大学考察 349药学综合。
西安交通大学考察 717药学基础综合。
中国药科大学可能考察 813化工原理。
安徽医科大学药学专业基础综合为 349（药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、药事管理学）。
药学综合的考试内容大致分为化学类、生物类、药学类。化学类包括有机化学、分析化学、物理化学、无机化学；生物类包括生理学、生物化学、微生物学；药学类包括制药工艺学、药理学、药物化学等。
建议您根据目标院校的具体要求，仔细查阅相关招生简章或考试科目说明，以确保准确了解并准备相应的考试科目。