自动化工程专业考研的院校推荐如下：
清华大学
哈尔滨工业大学
北京航空航天大学
上海交通大学
北京理工大学
浙江大学
西安交通大学
西北工业大学
华中科技大学
山东大学
南京航空航天大学
北京科技大学
哈尔滨工程大学
广东工业大学
中南大学
东华大学
上海大学
华东理工大学
江南大学
苏州大学
天津大学
大连理工大学
国防科技大学
重庆大学
湖南大学
华南理工大学
这些院校在自动化专业方面具有较高的声誉和一流的学科实力，涵盖了全国多个地区，可以根据个人兴趣、地域偏好及职业规划等因素进行选择。建议进一步了解各院校的招生政策、专业特点及就业前景，以便做出更为明智的决策。