制药工程专业考研方向主要包括：
药物化学：
专注于药物的设计、合成和功能基因药物研究。
药学专业：
学习药学的基本理论和知识，适合从事药品生产、检验等领域的工作。
中药专业：
研究中药的基本理论和知识，具备中药鉴定、制备和炮制能力。
微生物与生化药学专业：
研究微生物和生化技术在制药中的应用。
药理学：
研究药物对生物体的作用机制和药效学。
药剂学：
研究药物的制剂设计、制造和控制。
药事管理：
涉及药品的注册、生产、流通、使用等环节的管理。
发酵工程：
利用微生物发酵技术生产药品。
化学工程与技术：
结合新能源和生物质能源，培养化学工业领域的高素质人才。
制药工程：
综合性的研究方向，涉及药物制剂设计、制造和控制等。
选择考研方向时，可以考虑自己的兴趣、专业背景以及未来的职业规划。同时，不同高校在制药工程领域的研究方向和特色也有所不同，可以根据自己的实际情况进行选择。